Knihovna zpřístupňuje část svých spravovaných fondů v plné verzi prostřednictvím několika digitálních knihoven.
Digitalizované tituly monografií a periodik z fondu Knihovny Muzea Brněnska jsou zpřístupněny prostřednictvím virtuální sbírky v prostředí Digitální knihovny Moravské zemské knihovny v Brně. Sbírka obsahuje převážně knihy moravských autorů (J. Mahen, P. Bezruč, F. Halas aj.), dále tituly regionální vlastivědné literatury, nářeční literatury a napoleonika. Z periodik se jedná převážně o moravské literární časopisy, obecní zpravodaje nebo ročenky muzejních a školských institucí.
Tituly ze Sbírky rukopisů a prvotisků, jež tvoří součást Knihovny Benediktinského opatství Rajhrad, jsou přístupny na dvou místech.
Sbírka map a atlasů z Knihovny Benediktinského opatství Rajhrad byla digitalizována ve spolupráci s Výzkumným ústavem geodetickým, topografickým a kartografickým, v.v.i., a je zpřístupněna v rámci portálu Chartae antiquae.
